คอลัมน์โครมาโตกราฟีแก้วใช้เพื่อแยก บริสุทธิ์ และแยกส่วนประกอบแต่ละชิ้น โดยมีส่วนผสมทางเคมีตามปฏิสัมพันธ์ทางกายภาพหรือเคมีกับวัตถุคงที่ เฟส (เช่น ซิลิกาเจล) และเฟสเคลื่อนที่ (ตัวทำละลาย) ช่วยให้เก็บเศษส่วนได้อย่างแม่นยำ ทำให้มีความจำเป็นสำหรับการทำให้สารประกอบอินทรีย์บริสุทธิ์ การวิเคราะห์ยา ธรรมชาติ การแยกผลิตภัณฑ์และการติดตามปฏิกิริยาทั้งในสภาพแวดล้อมการวิจัยและการผลิต